Si a lo que te refieres es a una masilla negra o gris pringosa, efectivamente, como te dice Eduardo, lo mejor es no quitarlo, veras, en la juntas de los laterales, en los cercos de ventanas y deverian de ir tambien es la puerta y portones exteriores. Se pone unas tiras de butilo, en realidad chapapote puro, que hace de junta de estanqueidad, pero cuando llega la epoca del calor este butilo comienza a licuarse y comienza a salir por las juntas, pero es el responsable de la perfecta estanqueidad de todas las juntas, pero si es demasido lo que sale es posible quitarlo, con la ayuda de una espatula de plastico y gasolina.
Si te refieres a la silicona que hechan en los portones, pues si, es mejor quitarla y volver a sellar perfectamente, cuando estan en el montaje hechan una especie de silicona caliente que endurece y no vale realmente de junta de estanquidad, a si que es mejor retirarla con la ayuda de una espatula quita silicona, de venta en centros de bricolage y volver a sellar todo con masilla de polioretano, sika flex f 11, de venta en varios colores, ademas de resistente a vibraciones es muy elastico y resistente a heladas y altas temperaturas.